В таких случаях я использую программу Burrrn. Можно сразу назначить ее дежурной для открытия .cue листов. Основной файл из .ape или .flac переконвертить/декомпрессировать в .wav можно неким конвертором/декомпрессором. Из бесплатных тут хорошими помощниками есть программы Easy CD-DA Extractor или Monkey's Audio.
И конечно не забыть подредактировать потом cue лист в блокноте, вписать в нужной строке wav. Хотя именно Burrrn пишет и из cue+ape. Но мне показалось корректнее декомпресить в вавку сначала.
И если cue лист с ошибкой или вообще отсутствует, то цельный лосслезный файл можно разрезать с помощью программы (опять же бесплатной) - Medieval CUE Splitter, она поможет создать новый cue лист.